Ayvalık’ta, köklü ve zengin geçmişinden dolayı oldukça fazla kilise mevcut. Ayvalık kiliselerinin bir kısmı merkezde yer alırken çoğu Cunda Adası’nda bulunuyor. Bazıları camiye çevrilmiş veya tahrip olmuş kiliseler arasında restore edilenler ve hala kullanımda olanlar da var.
Taksiyarhis Kilisesi: 1873 yılında inşa edilen ve Bizans mimarisi stilinde olan kilise, günümüzde Cunda’nın simgesi haline gelmiş durumda ve ziyarete açık.
Aya Triyada:18. ve 19. yüzyıl Rum Ortodoks kiliselerinden olan Aya Triada, Ayvalık’ın merkezinde tahrip olmuş ve restore edilmeyi bekleyen tarihi yapılardan sadece biri.
Panayia Kilisesi: Cunda’da, Bakkal Sokağı’nın baş kısmında bulunan ve 1850 yılında inşa edilmiş olan kilisenin sadece iki duvarı sağlam durumda. Kilise, İstanbul, Beyoğlu ve Ayvalık’ta da bulunan Rum Ortodoks kiliselerinden olan Aya Triyada ismiyle de anılıyor.
Ayos Dimitriyos: Günümüzde Halk Eğitim Merkezi olarak kullanılan alanda bulunan kilise 1945 senesine değin cami, daha sonra da Erkek Sanat Okulu Atölyesi olarak kullanılmış.
Ayios Yannis: Geçmişte Ayvalık kiliseleri arasında yer alan Ayios Yannis, cumhuriyetin ilanından beri cami olarak kullanılıyor. Günümüzdeki ismi ise Çarşı Camii ya da Saatli Camii . 1944 senesinde yaşanan depremde çan kulesi yıkılınca yapı saatiyle anılmaya başlamış. .
Ayios Yorgi: Camiye dönüştürülen Ayvalık kiliseleri içinde bulunan yapı, günümüzdeki Çınarlı Camisi’dir. Ayios Yorgi, bölgede kilise yapımında sıkça kullanılan ve Sarımsaklı’ya ismini veren sarımsak taşından yapılmış.
Kato Panayia Kilisesi: Günümüzde Hayrettinpaşa Camisi olarak kullanılan kilise, Ayvalık’ın kurucusu Papaz İkonomo’nun kimsesiz olan kız çocukları için yaptırmış olduğu “Kız Yetiştirme Yurdu” adlı külliyenin bir bölümüydü.
Faneromeni Kilisesi: Ayvalık’ta, Hüsnü Uğural Stadı’na giden yol üstündeki killise, farklı mimari yapısıyla dikkat çekiyor ve İçinde bulunan su kutsal sayılıyor.
Ayios Nikolaos: Aya Triyada Kilisesi’ne 350 m. mesafede ve solda bulunuyordu. Biberli Camisi’ne dönüştürülmüş olsa da şu an kullanılmıyor.